Uma das figuras mais importantes na transição entre o jazz do período pré-guerra e o bebop dos anos quarenta, filho de uma professora e de um músico itinerante, cresceu em Nova Orleans, na mesma época em que tocavam Jelly Roll Morton, King Oliver, Louis Armstrong e Sidney Bechet.
Cansado da discriminação racial e da rigidez do pai, partiu em 1927, aos dezoito anos, partiu para uma turnê com os Art Bronson's Bostonians e outras bandas, entre 1928 e 1934 e tocou com King Oliver, em 1933. Também fez parte da Walter Page’s Blue Devils, na qual se formou o núcleo que mais tarde se converteu na Count Basie Orchestra.
Seus tons suaves e seu estilo lírico e descontraído atraíram a atenção na banda de Basie, pois a maioria dos solistas desta época tocava um ritmo ruidoso e áspero, influenciados por Coleman Hawkins, saxofonista da Fletcher Henderson’s Big Band.
Voltando à Count Basie Orchestra, estabeleceu definitivamente seu estilo diferenciado, dentro e fora da música, tornando-se conhecido também pela forma de se vestir e pela linguagem pessoal. Seu estilo tornou-se famoso, destacando-se seu inseparável chapéu e expressões como “that’s cool,” “you dig?” e “bread” para referir-se ao dinheiro.
Seguiu sempre uma linha que imprimia uma melodia fresca e o impacto de seu estilo foi tão grande que muitas vezes foi citado como favorito por inúmeras figuras do jazz, como Stan Getz, Charlie Parker e John Coltrane.
Grande parte do estilo cool da costa oeste foi criação de Lester Young e muitos saxofonistas tocavam suas composições nota a nota. Realizou gravações memoráveis com Billie Holliday, que o chamava de “presidente dos sax tenores”, de onde vem o seu apelido, Pres.
A partir de 1940 passou a dirigir a sua própria orquestra, regressando com Basie em 1943, mas em 1944, sua carreira foi interrompida para servir ao exército, onde foi preso por cultivar e fumar maconha e passou a grande parte do período na prisão militar. Quando saiu do exército, em 1945, passou a embriagar-se com frequência e sua saúde declinou consideravelmente.
Realizou algumas gravações magníficas como D. B. Blues ou These Foolish Things e, em 1946, o produtor Norman Granz o contratou para fazer parte do grupo Jazz at the Philharmonic, onde atuou com regularidade junto a nomes como Charlie Parker e Roy Eldridge, embora tenha perdido um pouco do seu brilho inicial em virtude do agravamento do alcoolismo.
Esse último esforço foi prejudicado pelo fato de retornar ao vício, tendo de regressar para Nova Iorque, onde faleceu apenas algumas horas após a chegada, no quarto de hotel onde havia vivido seus últimos anos, no dia 15 de março de 1959.
Sua influência, contudo, se estendeu muito além de sua morte, pois a melodia e o tom lírico e suave de Lester Young tiveram um impacto profundo no desenvolvimento de diversos saxofonistas, incluindo Wayne Shorter, Warne Marsh e, mais recentemente, Mark Turner.